Le bassin versant de la rivière Saint-Jean a une superficie d’environ 73 km2. La rivière Saint-Jean est située aux limites du Bas-Saint-Laurent et de Chaudière-Appalaches. Elle traverse principalement les municipalités de Saint-Onésime-d’Ixworth, de Sainte-Anne-de-la-Pocatière, ainsi que la Ville de La Pocatière. Des cinq bassins versants du territoire, il s’agit de celui où il y a la plus grande densité animale. On y retrouve également des installations qui utilisent un volume important d’eau, soit le Cégep de La Pocatière, l’Institut de technologie alimentaire – Campus de La Pocatière, ainsi que l’Hôpital Notre-Dame-de-Fatima.